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只要有忍者的存在，纷争就不会中断，即使是科技发达的现世，变更的只是忍者们背后的雇主。现代忍者的雇主由政治家和企业家组成，在这些手持权利的人当中，忍者自然就成为了他们用来满足自己欲望的道具。
这些被当成工具的忍者在忍界被称为“黑暗中的恶忍”，而为了制约这些恶忍和他们背后的势力，政府开始执行了一个计划，就是培养一批属于国家的忍者，这些忍者被内部称为“光明中的善忍”。有光就有影，有影必有光，在学炎祭这场史无前例的忍者学校战斗中，以飞鸟为首的一批忍者少女为了各自的立场奉献着自己的青春展开了与恶忍的战争。
《超次元大冒险：闪乱神乐》就是在以上故事情节的动漫《闪乱神乐》基础上改编的卡牌手游，游戏以少女忍者的卡牌收集、养成为主要内容，玩家可以根据自己对故事中角色的喜爱来收集相应的角色卡牌，然后组成自己心目中的少女忍者阵型。
